Die Annahme, dass rezeptfreie Medikamente grundsätzlich harmlos seien, ist weit verbreitet, aber falsch. Ebenso wenig trifft zu, dass Arzneimittel auf pflanzlicher Basis weniger Risiken und Nebenwirkungen hätten als chemisch-synthetische.

Zu den Risiken, die von einer Selbstmedikation ausgehen, gehören Wechselwirkungen mit ärztlich verordneten Medikamenten. So können selbst gekaufte Kalzium-, Magnesium- oder Eisenpräparate die Aufnahme von Medikamenten aus dem Darm blockieren (→ 6.1.2.1, → 6.1.2.2). Johanniskraut kann die Wirkung anderer Medikamente erheblich abschwächen und auf diese Weise lebensgefährliche Komplikationen auslösen (→ 6.1.4, Beispiel 3). Nicht zu vernachlässigen ist bei manchen Präparaten der Gehalt an Alkohol (Ethanol).