Für spezifische Nebenwirkungen besteht wie für die Hauptwirkung meistens eine Dosis-Wirkungs-Beziehung (→ 2.2.2), d. h. die Stärke hängt von der Dosis ab. Manchmal kann eine geringe Dosisreduktion die Verträglichkeit verbessern, ohne den Nutzen wesentlich zu schmälern.

Eine wesentliche Gruppe von Nebenwirkungen sind allergische Reaktionen. Sie hängen meistens nicht von der Dosis ab und die Symptome sind unspezifisch, z. B. Juckreiz, Quaddeln usw. Damit eine allergische Reaktion stattfinden kann, muss der Körper bei einem vorausgegangenen Erstkontakt sensibilisiert worden sein. Das heißt: Ein Medikament, das beim ersten Mal vertragen wurde, löst vielleicht Jahre später bei erneuter Einnahme eine schwere allergische Reaktion aus.

Wie bei anderen Allergenen gibt es auch bei Arzneimitteln Kreuzallergien. Kreuzallergie bedeutet z. B., dass jemand, der einmal eine allergische Reaktion auf Penicillin hatte, oft auch Antibiotika aus einer ähnlichen Gruppe (Cephalosporine, → 22.1) nicht verträgt.